Археологические раскопки показали, что территория Муезерского района заселялась людьми в эпоху мезолита и неолита. На берегах озер Лексозеро, Торосозеро, Кимасозеро, Ледмозеро, Боярское, Ругозеро, Ондозеро, Суккозеро, Гимольское и других озер и рек обнаружены стоянки древних людей, датируемые VI – I тысячелетиями до н.э. Первыми этнически определенными жителями являлись саами, обитавшие здесь с конца I тыс. до н.э. Культовым памятником верований саами является святилище на горе Воттоваара.
История
На протяжении XX в. территория Муезерского района неоднократно становилась ареной социально-экономических преобразований и военных событий. После Октябрьской революции 1917 г. здесь создаются Советы и ликвидируются старые органы власти. С созданием Карельской Трудовой Коммуны 8 июня 1920 г. в её состав вошла Ругозерская волость. В период гражданской войны и иностранной интервенции 1918-1920 гг. территория Ребольской волости оказалась оккупированной финскими войсками. Судьба ее решилась в результате мирного договора, заключенного между Россией и Финляндией в октябре 1920 г. в г. Юрьеве (Тарту). На основании Тартуского договора Ребольская волость возвращалась в состав России.
В январе 1922 г. совершил рейд в тыл противника лыжный отряд Интернациональной военной школы под командованием Тойво Антикайнена. 20 января 1922 г. в деревне Кимасозеро «красные финны» разгромили штаб противника.
В августе 1929 г. образованы Ребольский и Ругозерский леспромхозы.
В период Великой Отечественной войны боевые действия на Ребольском направлении начались 4 июля 1941 г.
30 декабря 1966 г. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР образован Муезерский район КАССР. Центром района стал пгт.Муезерский.
70-80-е годы – годы интенсивного развития района. Строятся и хорошеют поселки, вырастают трехэтажные благоустроенные дома.
В Реболах родился карельский писатель Николай Лайне (Н.Г.Гиппиев) (1920-1984), посвятивший немало поэтических строк родным местам. В Тикше прошли детские и школьные годы карельского скульптора Лео Ланкинена (1926-1996), в замыслах которого было создание скульптурной композиции на тему эпоса «Калевала» с использованием огромного камня, лежащего в лесу недалеко от Тикши. В нашем районе жил и работал свой писатель Константин Александрович Лаврентьев (1925-1988)
Количество населения района в 1989 г. насчитывало более 21 тысячи человек.